文献类型：期刊文献

中文题名：杜鹃花菌根真菌454焦磷酸测序的样品制备

英文题名：Sample Preparation for 454 Pyrosequencing on Ericoid Mycorrhizal Fungi

作者：倪坚[1];张艳华[1];汤访评[1];孙立夫[1];裴克全[2];薛煜[3]

机构：[1]绍兴文理学院;[2]中国科学院植物研究所;[3]东北林业大学

年份：2014

卷号：42

期号：5

起止页码：115

中文期刊名：东北林业大学学报

外文期刊名：Journal of Northeast Forestry University

收录：CSTPCD、、北大核心2011、北大核心、CSCD、CSCD2013_2014

基金：国家自然科学基金项目(31170469)

语种：中文

中文关键词：杜鹃花菌根真菌;454焦磷酸测序;样品制备;加接头的聚合链式反应;优化

外文关键词：Ericoid mycorrhizal fungi; 454 pyrosequencing; Sample preparation; Barcoded PCR; Optimization

中文摘要：454焦磷酸测序已成为真菌群落结构研究的常用手段,文中对454焦磷酸测序的Barcoded PCR扩增中的模板质量浓度、Mg2+和引物浓度等反应条件进行了优化,并对扩增所得产物的特异性进行了鉴定;同时就不同Taq酶对测序结果的影响进行了讨论。结果表明:DNA模板经适度稀释能显著提高反应效率;Mg2+及引物浓度对扩增反应效率有影响,建议上下游引物浓度均为0.1μmol·L-1,Mg2+浓度可不做调整;使用特异性好、活性较强的Taq酶对保证扩增产物的真菌特异性至关重要,建议选用热启动Taq酶。

外文摘要：454 pyrosequencing became a common method in analyzing fungal community structure. We explored the optimal contents of template DNA, Mg2＋ and primer in Barcoded PCR, identified the specificity of PCR products and discussed the selection of Taq polymerase. PCR reaction efficiency can be significantly improved after DNA template being diluted. Contents of Mg2＋ and primer can affect amplification efficiency, and we recommended 0.1 μmol·L-1 of primer. Adjusting Mg2＋ content is not essential. The specificity and the activity of Taq polymerase are important, therefore, the hot-strrat Taq polymerase is recommended.